A lo largo de la historia, Boca jugó 16 veces contra equipos de Santiago del Estero, y el saldo es positivo: 12 victorias, 1 empate y 3 derrotas. El primer duelo se dio el 26 de mayo de 1926: 3-0 a la Liga Cultural. Y para encontrar el último enfrentamiento hay que retroceder hasta el 22 de junio de 1978, cuando el equipo que dirigía Juan Carlos Lorenzo venció a Atlético Mitre por 5-2 con goles de Alvarez (3), Zanabria y Salinas.

Historial de Boca en la Copa Argentina

Boca es el único equipo que ganó la Copa Argentina en tres ocasiones. La primera fue en 1969, la primera edición. En aquella oportunidad, Boca dejó en el camino a Atlético Tucumán en la primera fase. Luego, eliminó a Sarmiento de Santiago del Estero y en cuartos de final superó a Chacarita. En la semifinal, el Xeneize aplastó a Colón: le ganó 5-0 en Santa Fe y 1-0 en la Bombonera. La final la disputó frente a Atlanta. En el primer cruce, Boca se impuso por 3-1, mientras que la revancha, en San Lorenzo, fue para los de Villa Crespo por 1-0. Así, por la diferencia de gol, Boca, dirigido por Alfredo Distéfano, dio la vuelta olímpica tras una campaña impecable que comprendió siete victorias sobre 10 encuentros. 

La segunda vez que Boca conquistó la Copa Argentina fue en 2012, con Julio César Falcioni como entrenador. En el camino hacia el título, el Xeneize venció a Santamarina de Tandil en los penales, y luego a Central Córdoba de Rosario por 2-0. Después, Boca eliminó a Olimpo, Rosario Central y Deportivo Merlo hasta llegar en la final. En el partido decisivo, Boca superó a Racing por 2-1 en el estadio Bicentenario de San Juan con goles de Silva y Viatri.

El tercer y último título Xeneize en la Copa Argentina fue en la edición 2014/2015. Boca eliminó a Huracán Las Heras (Mendoza), Banfield, Guaraní (Misiones), Defensa y Justicia y Lanús, hasta llegar a la final ante Rosario Central. El partido decisivo del certamen se jugó en el Mario Alberto Kempes de Córdoba el 4/11/2015 y Boca lo ganó 2-0 gracias a los goles de Lodeiro, de penal, y Chávez.